Clark brał udział w negocjowaniu traktatów pokojowych z plemionami indiańskimi w Forcie McIntosh w 1785English, t.2, ss.790-791 i w Forcie Finney w 1786, ale walki pomiędzy Indianami a osadnikami nie ustawały. Zgodnie z raportem rządowym z roku 1790, od zakończenia wojny 1500 osadników padło ofiarą powtarzających się napadów indiańskich na KentuckyJames, s.325. W celu położenia kresu tym napaściom, Clark poprowadził w roku 1786 ekspedycję przeciwko wioskom indiańskim nad rzeką Wabash, jedną z pierwszych akcji zaczynającej się wojny z Indianami. Wyprawa zakończyła się zupełnym fiaskiem: wobec braków w zaopatrzeniu 300 milicjantów zbuntowało się przeciwko dowódcy, więc Clark musiał się, jak niepyszny, wycofać. Chodziły słuchy, że był często kompletnie pijany. Reputacja Clarka bardzo na tym ucierpiała; już nigdy nie miał poprowadzić ludzi do bojuEnglish, t.2, ss.800-803.