Zbór w Szczecinie rozpoczął następnie funkcjonowanie w strukturach Polskiego Kościoła Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów, a jego siedzibą został budynek przy ul. Grzymińskiej 28. Przełożonym wspólnoty pozostawał Julian Kuryłowicz. W kwietniu 1948 do miasta przeniosła się grupa ewangelicznych chrześcijan pochodząca z Kujaw wraz z kaznodziejami Stanisławem Michalskim i Benonem Strzeleckim, która stała się częścią zboru. 7 lipca 1948 działalność zboru Kościoła Kościoła Ewangelicznych Chrześcijan Baptystów w Szczecinie została zgłoszona do Urzędu Wojewódzkiego. W czasie odbywania przez Juliana Kuryłowicza nauki na Kursie Biblijnym w Warszawie kierownictwo nad zborem pełnili Stanisław Michalski i Benon Strzelecki.
Jesienią 1949 doszło do wywłaszczenia właściciela budynku przy ul. Grzymińskiej 28, w związku z czym korzystający z niej zbór został pozbawiony siedziby. Urząd Wojewódzki przeznaczył w zamian dla zboru obiekt przy ul. Szarotki, jednak nie został on zaakceptowany przez wspólnotę z uwagi na potrzebę jego generalnego remontu, na który nie dysponowała ona funduszami.