Z uwagi na tę sytuację funkcjonowanie zboru zostało przerwane, a większość jego dotychczasowych członków rozpoczęła uczestniczyć w nabożeństwach prowadzonych przez zielonoświątkowy zbór Kościoła Chrześcijan Wiary Ewangelicznej, które odbywały się wówczas w mieszkaniu przy ul. Kaszubskiej 18/2, należącym do pastora tej wspólnoty Aleksander Rapanowicza. Ewangeliczni chrześcijanie nie zostali formalnie członkami zboru zielonoświątkowego, a ich wcześniejsi kaznodzieje byli zapraszani przez zielonoświątkowców do gościnnego głoszenia Słowa Bożego w trakcie nabożeństw.
Funkcjonowanie szczecińskiego zboru Kościoła Chrześcijan Wiary Ewangelicznej, w który zaangażowani byli ewangeliczni chrześcijanie, została przerwane w nocy 20 września 1950 na skutek aresztowania 199 ewangelikalnych duchownych przez organy Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego. Uwięziony został wówczas pastor zboru Aleksander Rapanowicz, jak również kaznodzieje ewangelicznych chrześcijan Stanisław Michalski i Benon Strzelecki.