22 listopada po wykonaniu zadania okręt opuścił wody panamskie, 6 grudnia dotarł do San Francisco, by przygotować się do ćwiczeń artyleryjskich. Cztery dni później kontradmirał Casey podniósł swój proporczyk na krążowniku pancernym „New York”, w ten sposób zwalniając pancernik z roli okrętu flagowego Eskadry Pacyfiku. Do 17 września USS Wisconsin brał udział w ćwiczeniach artyleryjskich, potem popłynął do Bremerton. Pięć dni przed Bożym Narodzeniem 1902 dotarł do Puget Sound Navy Yard. Do 19 maja 1903 przechodził naprawy i przeróbki, po czym wypłynął do Azji (przydział do Asiatic Station).
12 czerwca dotarł do Jokohamy (po drodze odwiedził Honolulu), mając na pokładzie kontradmirała Yatesa Stirlinga. Trzy dni później Stirling wymienił się jednostkami flagowymi z kontradmirałem P.H. Cooperem, ten podniósł swój dwugwiazdkowy proporczyk na maszcie USS „Wisconsin”, który stał się w ten sposób jednostką flagową Północnej Eskadry Floty Azjatyckiej (ang. Asiatic Fleet’s Northern Squadron). Stirling objął dowództwo na tenderze „Rainbow”.