W księdze XI dowodził jedności materii pierwszej oraz wykazywał, że Platon nie uważa jej za odwieczną. W księdze XII podważał pogląd, że wszystko, co wytworzone, jest materialne. W księdze XV mówił o stosunku świata do jego modelu intelektualnie poznawalnego, w XVI – o jedności woli Boga, w XVIII - rozprawiał powtórnie o błędach Platona - o tym, że częściej szedł on za baśniami poetów niż za argumentami.
Filopon pozostawał w obrębie arystotelizmu, jednak jego komentarze do dzieł Stagiryty były niezwykle krytyczne. Różnił się od Arystotelesa w tak ważnych kwestiach jak zagadnienie ruchu, istnienie próżni, konieczność istnienia piątego elementu. Jego krytycyzm doprowadził go do serii innowacyjnych idei, czyniących go ważnym myślicielem wczesnego średniowiecza.
Traktaty teologiczne W późniejszym okresie życia Filopon zwrócił się od filozofii ku teologii. Jego poglądy teologiczne były równie radykalne i kontrowersyjne co poglądy filozoficzne. Nie uznając wieczności relacji, sprzeciwiał się kultowi obrazów. W chrystologii szedł za monofizyckim teologiem Sewerem z Antiochii. Nie czynił rozróżnienia pomiędzy naturą a hipostazą i wychodząc z Arystotelesowskiej zasady, że natura nie istnieje poza indywiduami, twierdził, że człowieczeństwo Chrystusa nigdy nie istniało samodzielnie.