W swym głównym dziele teologicznym, zatytułowanym Rozjemca (Diajtetes e peri henoseos), uznawał za Porfiriuszem istnienie w Bogu trzech osób i konsekwentnie trzech odrębnych natur. Teoria ta, zwana tryteizmem, wywołała ostrą reakcję ze strony Leoncjusza z Bizancjum i Jerzego Pizydesa. Rozjemca zachował się w obszernych fragmentach w języku syryjskim oraz w pismach polemistów, oprócz dwóch wyżej wspomnianych, również u Jana Damasceńskiego. Wrogowie Filopona przekształcili złośliwie jego przydomek na Matajoponos (Pracujący na próżno). Poglądy teologiczne Filopona zostały potępione jako monofizyckie przez sobór konstantynopolitański III (681 r.). Wbrew koncepcjom neoplatońskim wprowadzenie duszy w ciało Filopon uważał za dobrodziejstwo uczynione człowiekowi przez Boga. Przyjmował istnienie aniołów jako substancji bezcielesnych, odmiennych od Boga i świata. Proces poznania Boga przyrównywał do przemiany moralnej człowieka.