Zbawienie W sprawie zbawienia człowieka, Kościół podkreśla znaczenie protestanckich zasad: sola gratia, sola fide oraz Solus Christus. W oficjalnym oświadczeniu władze Kościoła zatwierdziły, iż usprawiedliwienie grzesznika pochodzi „wyłącznie z łaski Bożej, wyłącznie przez samą wiarę i wyłącznie przez wzgląd na Chrystusa”. Kościół akcentuje swój chrystocentryzm w soteriologii i zaprzecza, jakoby cokolwiek poza ofiarą krzyżową miało jakikolwiek wpływ na zbawienie człowieka. Odrzuca praktykę modlitwy do świętych oraz ich kult podkreślając, iż Jezus Chrystus jest jedynym pośrednikiem.
Sakramenty Kościół Luterański Synodu Missouri, podobnie jak inne kościoły protestanckie, wyznaje wiarę w dwa sakramenty: chrzest oraz Sakrament Ołtarza. Zachowana jest praktyka chrzczenia niemowląt. Kościół odrzuca rzymskokatolicką naukę o przeistoczeniu jak również pogląd, jakoby Wieczerza Pańska miała wyłącznie symboliczny charakter. Przyjmuje się, iż prawdziwe ciało i krew Chrystusa są współobecne na równi z prawdziwym chlebem i winem w czasie sprawowania Sakramentu Ołtarza. Stanowczo odrzuca się praktykę kultu hostii. Kościół praktykuje zamkniętą komunię.