Do Sakramentu Ołtarza w Kościele Luterańskim Synodu Missouri przystąpić może wyłącznie osoba będąca jego wyznawcą, bądź wyznawcą innego konserwatywnego Kościoła luterańskiego, z którym Synod Missouri posiada wspólnotę ołtarza i ambony. Do komunii przystępują osoby uprzednio ochrzczone i konfirmowane.
Kreacjonizm Kościół Luterański Synodu Missouri oficjalnie odrzuca teorię ewolucji jako niezgodną z Pismem Świętym i jest zdeklarowanym zwolennikiem kreacjonizmu i koncepcji inteligentnego projektu. Wszystkie zbory i placówki oświatowe Kościoła, w tym uniwersytety i seminaria duchowne zobowiązane są do „nauczania kreacjonizmu z biblijnej perspektywy”. Kościół podziela wiarę w stworzenie świata w ciągu sześciu dwudziestoczterogodzinnych dni.
Eschatologia W przeciwieństwie do większości konserwatywnych protestantów w USA, głównie ewangelicznych chrześcijan, Kościół Luterański Synodu Missouri nie podziela wiary w dosłowne Tysiącletnie Królestwo, ani tajemnicze porwanie Kościoła przy końcu wieków. Jest zwolennikiem amillenaryzmu.
Sukcesja apostolska W odróżnieniu od anglikanów i części luteran, Kościół Luterański Synodu Missouri odrzuca znaczenie sukcesji apostolskiej w rozumieniu przyjmowanym przez kościoły episkopalne.