W 1756 roku archipelag został zajęty przez Duńczyków. Następnie przez habsburską Austrię, a potem przez Brytyjczyków. W czasie II wojny światowej zostały zajęte przez Japończyków i odbite przez Brytyjczyków. W 1947 roku przeszły na własność niepodległych Indii. Od 1956 roku Indie ograniczyły prawnie dostęp do wyspy w celu ochrony ich unikalnego charakteru.
Tsunami w 2004 roku 26 grudnia 2004 potężne tsunami wywołane trzęsieniem ziemi o sile 9 stopni w skali Richtera poważnie zniszczyło archipelag. Zginęło lub zaginęło od 3,5 do 10 tysięcy osób i ok. 125 tysięcy zwierząt domowych. Zniszczonych zostało 3/4 domostw, 3 tys. hektarów upraw, i 40 tys. hektarów raf koralowych. Pod wodą znalazło się około 40 km² lądu.
Władze indyjskie ewakuowały z wysp prawie 29 tysięcy ludzi, w tym 20 tysięcy Nikobarczyków. Trafili oni do 118 obozów w wyżej położonych częściach wysp archipelagu. Część lokalnych przywódców chciała jak najszybciej wrócić do swoich osad, chcąc odbudować schronienia i plantacje, bojąc się o swoją tożsamość kulturową. Władze przekonywały jednak, żeby zaczekać i korzystać z pomocy na miejscu.