W odróżnieniu od poprzednich wersji systemu Patriot pocisk trzeciej konfiguracji otrzymuje przed startem jedynie informacje o typie celu, jego wektorze lotu oraz zakładanym punkcie przechwycenia. Po wystrzale pocisk naprowadzany jest bezwładnościowo, tuż przed celem uruchamiany jest działający w zakresie fal milimetrowych aktywny radar pocisku za pomocą małych silników rakietowych Attitude Control Motors (ACM) precyzyjnie naprowadzający pocisk na kurs zbieżny z celem. W tym zakresie pocisk korzysta ze swojego własnego radaru i samodzielnie dokonuje wszelkich niezbędnych do przechwycenia obliczeń, używa jednak dwukierunkowej komunikacji z własną stacja bazową (radar naziemny, ECS).
Pocisk Flexible Lightweight Agile Guided Experiment (FLAGE)We wczesnych latach 80. XX wieku, amerykański koncern Lockheed Martin prowadził prace nad pociskiem rakietowym dla Agencji Zaawansowanej Obrony Antybalistycznej Armii Stanów Zjednoczonych (ang. U.S. Army’s Advanced Ballistic Missile Defense Agency). Amerykańskie Dowództwo Obrony Strategicznej zmieniło jednak wymagania wobec prototypu pocisku, domagając się umieszczenia w nim radaru samonaprowadzającego, zdolnego doprowadzić pocisk do bezpośredniego uderzenia i zniszczenia celu w atmosferze, za pomocą energii kinetycznej.