Wcześniej jeszcze wniosek Dobrzyckiego poparty został przez kolejnego kierownika Zakładu, profesora Bogdana Suchodolskiego. W piśmie skierowanym do Stefana Żółkiewskiego, sekretarza naukowego PAN, Suchodolski prosił o zaangażowanie dra Dobrzyckiego na etat zwolniony przez profesora Aleksandra Birkenmajera, w związku z jego odejściem na emeryturę. Przywoływał w nim pozytywną ocenę dotychczasowych prac Dobrzyckiego, przedstawioną przez Birkenmajera, i podkreślał konieczność wzmocnienia studiów kopernikańskich. Żółkiewski wniosek ten poparł, uznając prace nad edycją kopernikańską za priorytetowe.
Dnia 1 czerwca 1961 roku Dobrzycki rozpoczął pracę w nowym miejscu. Jako adiunkt pod kierunkiem profesora Birkenmajera, w tak zwanej Sekcji III, prowadził badania nad astronomią średniowieczną, astronomią XV i XVI wieku oraz nad dziełem Kopernika. Opracowywał krytyczne wydania drobnych pism astronomicznych Kopernika oraz przystąpił do prac nad kontynuacją komentarza do De revolutionibus. Zaangażowany został także do prac organizacyjnych związanych ze zbliżającymi się obchodami 500-lecia urodzin Kopernika (1973) – pełnił funkcję sekretarza Comité Nicolas Copernic, międzynarodowego komitetu przygotowującego światowe obchody, powołanego w 1965 roku przez Międzynarodową Unię Historii i Filozofii Nauki (przewodniczył mu prof.