Nowe Zgromadzenie Generalne potwierdziło zawarte w pierwszym zgromadzeniu postanowienia. Szkocki parlament zrzekł się nawet kontroli królewskiej. Karol zamierzał dokonać restrukturyzacji Kościoła zdecydował się wypowiedzieć nową wojnę Szkocji.
Druga wojna biskupia 1640 r. Na głównego doradcę króla mianowany został Thomas Wentworth (Earl of Strafford). Poparł on plany Karola, zajmując się sprawami zaopatrzenia i sfinansowania militarnej ekspedycji do Szkocji. Morale armii nie było jednak wysokie, co spowodowało, że dowódcy dysponowali dość słabymi siłami.
Szkoci tymczasem pod wodzą generała Leslie oraz Montrose przekroczyli Tweed River, wywołując poruszenie w szeregach przeciwnika, który wycofał się z zajmowanych terenów. W krótkim czasie Szkoci zajęli hrabstwa Northumberland oraz Durham, staczając m.in. bitwę pod Newburn. Gdy w końcu w październiku 1640 r. doszło do podpisania pokoju w Ripon, Karol zmuszony został do odstąpienia obu hrabstw na rzecz Szkotów.