Sukcesy powstańców zrodziły zwątpienie u Justyniana, który rozważał ucieczkę z miasta, wówczas jednak Teodora miała przekonać go do pozostania w Konstantynopolu i dania oporu buntownikom. To wówczas miała powiedzieć słynne zdanie, uwiecznione przez Prokopiusza: „purpura cesarska jest najwspanialszym całunem”. Rozgromienie powstania spowodowało jeszcze większy wzrost autorytetu Teodory i jej udziału w rządach.
Jednym z głównych celów Teodory była ochrona prześladowanych wcześniej monofizytów (zamieszkujących głównie Egipt i wschodnie tereny cesarstwa) i zrównania ich wyznania z wyznaniem chalcedońskim dominującym w Konstantynopolu i Rzymie. Wkrótce po powstaniu Nika, w 533 roku Justynian wydał edykt, który miał pogodzić oba odłamy chrześcijaństwa. Zaprzestano prześladowań monofizytów, powstał nawet monofizycki klasztor w Konstantynopolu. W 535 roku, po śmierci patriarchów Aleksandrii i Konstantynopola, na ich stanowiska powołani zostali – w Aleksandrii przywódca monofizytów Sewer, w Konstantynopolu bliski im Anthimos. Justynian nie porzucił jednak planów zdobycia Zachodu i w 536 roku, wobec zmiany sytuacji w Italii, która umożliwiała podjęcie działań wojennych, postanowił pozyskać poparcie papieża Agapita I. Gdy ten jako posłaniec ostrogocki przybył do Konstantynopola, Justynian zdołał uzyskać jego poparcie.