Jednak jego ceną było odwrócenie się od monofizytów, nieakceptowanych na Zachodzie. Patriarcha Anthimos został odwołany, ponownie zaczęto prześladować monofizytów; nawet w zdominowanym przez nich Egipcie nominowany na patriarchę został chalcedończyk. To spowodowało, że Teodora podjęła na własną rękę kroki w celu zmiany położenia monofizytów. To dzięki jej intrydze w 537 roku papieżem został Wigiliusz, który wcześniej obiecał jej ustępstwa na rzecz wyznawców tego odłamu chrześcijaństwa. Nie dotrzymał jednak tych obietnic po objęciu urzędu, a w 541 roku wprost nazwał Anthimosa heretykiem. Teodora zdołała jednak częściowo chronić monofizytów, w szczególności utrzymując wielu spośród bardziej znaczących z nich w swoich pałacach, czy wspierając ich działalność (m.in. biskupa Jakuba Baradeusza).
Oprócz religii Teodora prowadziła liczne działania w celu polepszenia doli kobiet, w szczególności pochodzących z nizin społecznych. W prawach wydawanych przez Justyniana spotkać można takie, które miały zwiększyć rolę kobiet w rodzinie. W 535 roku próbowała zlikwidować domy publiczne w stolicy, związana jednak z tym ustawa nie miała szans wejść w życie. Podejmowała jednak próby kształcenia kobiet upadłych z własnej szkatuły, ufundowała też dla nich klasztor.