Odmienna klasyfikacja za punkt wyjścia przyjmuje charakter kolumn (słupów) komórkowych istoty szarej, które są miejscami (początku lub końca) projekcji nerwów czaszkowych. Każdej można przypisać określoną funkcję oraz wywodzące się z niej jądra pnia mózgowia; cztery pierwsze związane są również z nerwami rdzeniowymi. W stosunku do nerwów I i II oznaczenia te są stosowane rzadko. Kolumna GSE (General Somatic Efferent) – zaopatruje mięśnie poprzecznie prążkowane Kolumna GVE (General Visceral Efferent) – mieści neurony przedzwojowe układu autonomicznego Kolumna GVA (General Visceral Afferent) – otrzymuje informacje z narządów wewnętrznych Kolumna GSA (General Somatic Afferent) – otrzymuje informacje z powłoki ciała: skóry, najbardziej zewnętrznych błon śluzowych, itp. Kolumna SVE (Special Visceral Efferent) – unerwia mięśniówkę pochodzącą z łuków skrzelowych Kolumna SVA (Special Visceral Afferent) – przekazuje wrażenia: zapachowe, smakowe Kolumna SSA (Special Somatic Afferent) – przekazuje wrażenia: wzrokowe, słuchowe, równowagi