Niemcy zwlekali ze zwolnieniem z obywatelstwa. Procedury z Niemcami w tych sprawach w tamtym czasie trwały od 10 do 15 lat. Utrata obywatelstwa niemieckiego oznaczała problemy dewizowe i uszczuplenie dochodów. W procesach zeznawali minister oświaty Świętochowski i prezydent Mościcki (który z Czochralskim utrzymywał kontakty). Ostatecznie spór zakończył się w połowie lat 30. procesami o zniesławienie, które wygrał Czochralski; na jego rzecz zeznawali oficerowie wywiadu. Sąd skazał Broniewskiego na dwa miesiące aresztu w zawieszeniu i 500 zł grzywny. Czochralski wygrał, lecz część środowiska akademickiego nigdy mu tego zwycięstwa nie wybaczyła.
Wojna i okupacja Przed rozpoczęciem II wojny światowej Czochralski nie wychodził praktycznie z Ministerstwa Spraw Wojskowych. Wojna przerwała jego działalność naukową. Po wejściu Niemców podjął decyzje, które przez dziesięciolecia będą argumentem jego przeciwników. Pod koniec 1939 r. uzyskał od Niemców pozwolenie i uruchomił w Warszawie na bazie przedwojennego instytutu Politechniki Zakład Badań Materiałów. Nastąpiło to za zgodą władz konspiracyjnych Politechniki i miało na celu ochronę pracowników uczelni i wyposażenia. W następnym okresie okupacji powstały kolejne zakłady wzorowane na zakładzie Czochralskiego (łącznie powstało ich 8).