Zakład wykonywał zadania na rzecz instytucji cywilnych, a także dla Wehrmachtu. Zatrudniał wielu żołnierzy Armii Krajowej. Wykonywał też prace dla podziemia: odlewano w nim granaty żeliwne z części zbadanych fragmentów V-1 oraz części do maszyn drukarskich i pistoletów, a sam Czochralski sabotował produkcję dla Wehrmachtu oraz składał meldunki wywiadowi AK. W zakładzie niszczono także przez przetopienie części elektryczne rakiet V-1 i V-2 po zbadaniu ich przez prof. Janusza Groszkowskiego. Jan Czochralski wykorzystywał też swoje osobiste kontakty z Niemcami do wydobywania ludzi z więzień i ratowania zbiorów muzealnych, dzięki jego interwencji zwolniono z obozów koncentracyjnych profesorów Mariana Świderka i Stanisława Porejko. Pośrednikiem była jego córka Leonia, która przyjaźniła się z córką szefa Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy. Czochralski wyciągnął z Gestapo ok. 30–50 osób. Pomógł wnukowi Ludwika Solskiego, doktorowi Marianowi Świderkowi – ojcu Anny Świderkówny. Profesor dalej mieszkał przy ul. Nabielaka, w tym czasie w dzielnicy niemieckiej. Spotykał się z Niemcami, jednak w jego domu odbywały się nadal spotkania tzw.