W czasie potopu szwedzkiego miasto zniszczyli Szwedzi (1659 r.). W 1807 przez miasto przemaszerowały wojska napoleońskie. W dniach 18-21 lutego 1807 na plebanii w Miłakowie kwaterował cesarz Francuzów Napoleon Bonaparte. W 1817 miasto znacząco ucierpiało wskutek pożaru.
W 1945 r. miasto zostało zniszczone w około 50% i utraciło prawa miejskie. W okresie Polski Ludowej powstała roszarnia lnu, wytwórnia wód gazowanych, pracowały piekarnia, młyn i mleczarniaJan Bałdowski "Warmia i Mazury, mały przewodnik" Wydawnictwo Sport i Turystyka Warszawa 1977 s. 137. W latach 1975–1998 administracyjnie należało do województwa olsztyńskiego. W roku 1973 jako wieś należało do powiatu morąskiego. Prawa miejskie odzyskało 1 stycznia 1998 rokuRozporządzenie Rady Ministrów z dnia 14 października 1997 r. w sprawie zmiany granic, nazw i siedzib władz niektórych gmin oraz nadania statusu miasta niektórym miejscowościom w województwach: bielskim, olsztyńskim, piotrkowskim, rzeszowskim, tarnobrzeskim, tarnowskim i włocławskim. (). W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Miłakowo. W okresie 1945–1954 oraz 1973-1998 wieś gminna.
Demografia
Piramida wieku mieszkańców Miłakowa w 2014 roku.
690x480px