Według stanu z 1 lipca 1952 roku gmina Miłakowo była podzielona na 13 gromad: Bieniasze, Bolity, Klugajny, Książnik, Miłakowo, Mysłaki, Pawełki, Pityny, Polkajny, Raciszewo, Stare Mieczysławy, Warkałki i WarkałyWykaz Gromad Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej według stanu z dnia 1.VII 1952 r., PRL, GUS, Warszawa.
Gmina została zniesiona 29 września 1954 wraz z reformą wprowadzającą gromady w miejsce gmin.
Gminę Miłakowo przywrócono 1 stycznia 1973 w powiecie morąskim w woj. olsztyńskimUchwała Nr XXI/83/72 Wojewódzkiej Rady Narodowej w Olsztynie z dnia 6 grudnia 1972 r. w sprawie utworzenia gmin w województwie olsztyńskim (Dziennik Urzędowy Wojewódzkiej Rady Narodowej w Olsztynie z dnia 7 grudnia 1972 r., Nr 13, Poz. 176) po reaktywowaniu gmin. W latach 1975–1998 gmina położona była w "małym" województwie olsztyńskim.
Od 1999 roku znajduje się w powiecie ostródzkim w województwie warmińsko-mazurskim.
Struktura powierzchni Według danych z roku 2002 gmina Miłakowo ma obszar 159,36 km², w tym: użytki rolne: 62% użytki leśne: 19%
Gmina stanowi 9,03% powierzchni powiatu.
Demografia Dane z 30 czerwca 2004: Opis Ogółem Kobiety Mężczyźnijednostka osób % osób % osób %populacja 5769 100 2897 50,2 2872 49,8gęstość zaludnienia(mieszk./km²) 36,2 18,2 18