Prawdopodobnie na wzgórzu, zwanym Świętą Górą (179 m n.p.m.), w czasach Prusów miały miejsce obrzędy religijne.
Założycielem Jezioran był biskup warmiński Herman z Pragi, który położył duże zasługi przy uregulowaniu granic biskupstwa i dominium warmińskiego oraz zasiedleniu południowej Warmii. W zastępstwie biskupa przywilej lokacyjny na prawie chełmińskim wystawił w 1338 roku kanonik braniewski Mikołaj i wójt biskupi Henryk von Luter. Zasadźcą został Henryk Wandepfaffe. Miastu przydzielono 110 włók ziemi, z tego 11 włók należało do sołtysa, 6 stanowiło uposażenie kościoła, jedną zarezerwowano jako pastwisko na potrzeby zamku, jedną przeznaczono na zabudowę miasta. Murowany zamek biskupów warmińskich wybudowano po 1350 r. Była to budowla siostrzana do zamku w Reszlu, dwuskrzydłowa z narożną wieżą typu bergfried, poprzedzona od wschodu małym przedzamczem. W 1414 miasto zostało spalone przez wojska polskie.