W XVI w. powstał tu drewniany zamek – siedziba starosty królewskiego. W latach 1502–1503 oraz w latach 1603, 1603 zniszczony przez Tatarów. Od 1623 wojewoda parnawski i starosta bobrujski Piotr Stanisław Tryzna (zm. 1633) sprowadzał z posługą kapłańską jezuitów z Nieświeża, którzy przy jego dworze gdzie prowadzili działalność prozelityczną. Na prośbę syna Piotra, Kazimierza, starosta wybudował tu kościół jezuicki św. Piotra i Pawła (ok. 1615), a od 1630 roku powstała tu ich stała placówka. Pierwsze msze sprawowali księża: Jakub Rożnowolski, Rafał Kłosowski (późniejszy rektor kolegium w Nieświeżu przed 1660), Michał Kreczmar, Jan Pieńkowski (zm. 1633), Stefan Zaboklicki, zbiegowie ze Smoleńska; ks. Jakub Berent (późniejszy rektor w Wilnie w latach 1647–1652, zm. 1652) i Stanisław Olszewski, a w latach 1630–1633 mianowany przełożony, kaznodzieja i spowiednik – św. Andrzej Bobola oraz po nim przełożony Marcin Rydzewski. W 1626 roku miasto otaczał wał ziemny z drewnianym parkanem i pięcioma bramami. W 1639 roku Władysław IV nadał miastu prawo do jarmarków i potwierdził wcześniejsze przywileje. Starostwo bobrujskie przypadało w udziałach żonie Władysława IV Cecylii Renacie, która ustąpiła czynsz miejscowym jezuitom.