W czasie panowania króla Władysława IV miasto liczyło 1880 domów.
W październiku 1648 Bobrujsk w czasie powstania Chmielnickiego został opanowany przez kozaków Poddubickiego, którzy utopili królewskiego starostę. Dopiero w początkach 1649 odbił go Janusz Radziwiłł każąc wbić na pal PoddubickiegoPo wszystkie dni mieszkania naszego w Bobrujsku tracono więźniów na pal wbijając; wprzód Poddubskiego (Dyaryusz Bogusława Kazimierza Maszkiewicza, w: Zbiór pamiętników historycznych o dawnej Polszcze z rękopisów, tudzież dzieł w różnych językach o Polszcze wydanych, oraz z listami oryginalnemi królów i znakomitych ludzi w kraju naszym, Tom 5 1840, s. 82.). W 1651 roku zbudowany przez Bobolę kościół z klasztorem spalili kozacy podczas kolejnego najazdu. 14 marca 1651 r. Janusz Radziwiłł przybył do obozu pod Bobrujskiem, gdzie wyznaczył główny punkt koncentracji armii. W 1655 r. Bobrujsk spalili kozacy pod dowództwem Iwana Zołotarenki. Ponownie kozacy spalili miasto w 1665 roku. Wojny z Moskwą doprowadziły miasto do upadku i pod koniec XVII wieku było już w ruinie. W 1681 roku do Bobrujska ponownie wrócili jezuici, którzy otworzyli tu w tym samym roku szkołę, a od 1686 r. prowadzili przychodnię lekarską dla ludności. W 1708 roku miasto zostało poważnie zniszczone podczas wojny północnej.