W 1738 roku Jezuici otworzyli aptekę.
Po II rozbiorze w 1793 roku miasto zostało wcielone do Rosji. W 1794 roku zostało na krótko wyzwolone przez pułkownika Stefana Grabowskiego. W 1810 roku na miejscu zamku wybudowano twierdzę, która w 1812 była bezskutecznie oblegana przez wojska napoleońskie.
W 1918 Bobrujsk był miejscem walk i koncentracji I Korpusu Polskiego pod dowództwem gen. Józefa Dowbora-Muśnickiego. W 1918 żołnierze gen. Józefa Dowbora-Muśnickiego usypali kopiec upamiętniający śmierć towarzyszy broni (fot.). W sierpniu 1919 twierdza i miasto zostały zajęte przez Kombinowaną Dywizję Wielkopolską gen. Konarzewskiego m.in. z pomocą czołgów (po raz pierwszy użytych w tej wojnie). W okolicach miasta toczyły się walki z bolszewikami. W październiku 1919 wielkopolanie z 1. Dywizji Strzelców Wielkopolskich – 14 Wielkopolskiej Dywizji Piechoty rozbili radziecki kontratak, biorąc do niewoli 1500 jeńców. Wojsko Polskie w Bobrujsku pozostawało do lipca 1920 r.
Od czerwca 1941 do czerwca 1944 miasto znajdowało się pod okupacją niemiecką. Przez Armię Czerwoną zostało zdobyte 29 czerwca 1944. W latach 1941–1942 w twierdzy Niemcy urządzili obóz śmierci dla jeńców rosyjskich (zginęło ich ok. 40 tys.).