W 1454 Rudolf zginął podczas wojny trzynastoletniej w trakcie bitwy pod Chojnicami, dowodząc najemnikami na żołdzie krzyżackim. Po jego śmierci Baltazar udał się do Prus walcząc przeciw Polsce po stronie zakonu krzyżackiego, starając się też o namiestnictwo w Prusach. Nie uzyskawszy tego stanowiska, powrócił do księstwa żagańskiego (1457), gdzie Jan II ustanowiony w księstwie namiestnikiem, korzystając z jego nieobecności, wymusił na stanach Żagania złożenie mu hołdu lennego.
W latach następnych Baltazar zaangażował się w rozgrywki polityczne na Śląsku, skierowane przeciwko Jerzemu z Podiebradów, co w 1461 r. doprowadziło do najazdu na księstwo żagańskie wojsk czołowego stronnika Podiebrada, Jana II, i utratę władztwa.
W latach 1461–1467 przebywał na wygnaniu we Wrocławiu, gdzie dowodził wojskami miejskimi. Bezskutecznie apelował u króla Jerzego w sprawie odebrania Żagania Janowi. Posłował w tej sprawie nawet do Rzymu, gdzie uzyskał poparcie papieża Piusa II. W zorganizowanej w 1467 r. krucjacie przeciwko królowi-husycie, dzięki poparciu papieskiemu został głównodowodzącym. Wyprawa zakończyła się jednak porażką w walce z Janem II pod Kożuchowem.
Dopiero w 1468 r.