Odrębność kultury europejskiej i brazylijskiej stanowiły poważną przeszkodę we wzajemnym porozumieniu. Nad morzem i w lasach Amazonii żyły grupy Indian Tupi i Tamoyos, byli bardziej otwarci na katechizację. Plemienia żyjące w głębi kraju takie jak Tupinambas, Potiguaras, Tabajaras, Caetes, Carijos, Tapuyas – charakteryzowała dzikość obyczajów. Społeczności indiańskie były ciągle w stanie permanentnej wojny pomiędzy plemionami, aktów zbiorowej zemsty. Panowała kultura wojowników, gdzie za punkt honoru uważano zabicie lub pojmanie wroga aby później dokonać rytualnego mordu na oczach plemienia aby następnie go zjeść. Dla zwycięzcy i pokonanego była to zaszczytna śmierć, brama do miejsca bez zła i zarezerwowanego tylko dla odważnych. Z punktu widzenia Europejczyków, obrzędy te były czymś odrażającym. Wśród zwyczajów Indian brazylijskich było samobójstwo, mordy, aborcje, antropofagia, poligamia czy kultura rozpusty seksualnej. Indianie nie posiadali idei związku monogamicznego czy trwałego. Zgodnie z zaleceniami Ignacego z Loyoly, misjonarze prowadzili ewangelizację wykorzystując metody inkulturacji, przemieniali kulturę Indian nadając jej wymowy chrześcijańskiej.