W położonym w jednej z nich kamieniołomie Kletno III, w 1966 odkryto największą jaskinię Sudetów – Jaskinię Niedźwiedzią, będącą rezerwatem ścisłym (zob. Jaskinia Niedźwiedzia). Wśród łupków łyszczykowych występują ponadto wkładki łupków łyszczykowych z granatami, łupków grafitowych, kwarcytów, amfibolitów i łupków amfibolitowych i in., natomiast wśród gnejsów – eklogitów.
Wody Obszar Masywu Śnieżnika należy do zlewisk trzech mórz: Morza Bałtyckiego, Morza Północnego i Morza Czarnego. Północną i zachodnią część odwadniają Nysa Kłodzka wraz z dopływami, wpadająca do Odry. Południowo-wschodnią część największa rzeka Moraw – Morawa ze swoimi dopływami, wpadająca do Dunaju. Najmniejszą, południowo-zachodnią część odwadnia Lipkovský potok, dopływ Cichej Orlicy (czes. Tichá Orlice), wpadającej do Łaby. Wymienione trzy rzeki mają swe źródła pod Trójmorskim Wierchem, jedynym w Polsce miejscem, gdzie zbiegają się zlewiska trzech mórz. Na potoku Wilczka w Międzygórzu znajduje się jeden z najwyższych w Sudetach wodospadów – wodospad Wilczki o wysokości 22 m.