Na obszarach zbudowanych ze skał wapiennych rozwinęły się zjawiska krasowe – suche dolinki, ponory, wywierzyska.
Przyroda Świat roślinny i zwierzęcy Śnieżnika jest najbogatszy w całych Sudetach, ponieważ przebiegają tam granice zasięgów występowania wielu gatunków – sudeckich, karpackich, alpejskich, a nawet śródziemnomorskich.
Wyraźnie zaznaczony jest piętrowy układ roślinności: do 500 m n.p.m. – użytki rolne, zazwyczaj łąki; występują m.in. pełnik europejski, dziewięćsił bezłodygowy, 500–1000 m n.p.m. – regiel dolny w postaci borów świerkowych lub lasów mieszanych świerkowo-bukowych, 1000–1250 m n.p.m. – regiel górny – bór świerkowy, w runie występują borówki czernica i brusznica, powyżej 1250 m n.p.m. – łąki górskie.
Te ostatnie występują praktycznie tylko na szczycie Śnieżnika. Posiadają największą wartość przyrodniczą. Występują tu licznie gatunki roślin rzadkich i chronionych oraz sztucznie wprowadzona kosodrzewina. W szczelinach skalnych spotkać można jedyny w Polsce świecący mech – świetlik.