Na polecenie Hitlera, 30 stycznia 1938 roku Schlegelberger wstąpił do partii NSDAP.
W partii nazistowskiej thumb|Od lewej: prezes Trybunału Ludowego Roland Freisler, sekretarz stanu Franz Schlegelberger pełniący dotąd obowiązki ministra sprawiedliwości Rzeszy, minister sprawiedliwości Rzeszy Otto Georg Thierack i nowy sekretarz stanu w ministerstwie sprawiedliwości Curt Rothenberger W swoich licznych pracach Schlegelberger pisał o konieczności wprowadzenia nowej waluty narodowej w Niemczech, by zatrzymać hiperinflację.
Po śmierci Franza Gürtnera w roku 1941, Schlegelberger został tymczasowym Ministrem Sprawiedliwości Rzeszy na lata 1941 i 1942. Później zastąpił go Otto Georg Thierack. W czasie jego urzędowania liczba wyroków śmierci wzrosła gwałtownie. Wydał między innymi akt pozwalający na wykonywanie egzekucji na Polakach, którzy dopuściliby się zrywania niemieckich plakatów (Polenstrafrechtsverordnung).
Stosunek Schlegelberga do pełnionej funkcji oddaje jego list do Ministra Rzeszy i Szefa Kancelarii Rzeszy Hansa Heinricha Lammersa:
Jednak, żeby oszczędzić część osób będących w połowie pochodzenia żydowskiego, w liście z 5 kwietnia 1942 zasugerował Hansowi Lammersowi, by dano im wybór pomiędzy „ewakuacją” i sterylizacją: