College Studiował w Memphis State University (dziś University of Memphis). W czasie pierwszego roku na studiach Penny nie grał ze względu na zaległości w nauce, jednak już w drugim roku poprowadził Memphis do wielu sukcesów w NCAA. Został także wyróżniony nagrodami: Gracz Roku Midwest Conference oraz Debiutant Roku w konferencji.
Latem 1992 został wybrany (wspólnie z m.in. Chrisem Webberem, Grantem Hillem i Allanem Houstonem) do drużyny 1992 USA Basketball Developmental Team, która była jednym ze sparingpartnerów dla drużyny olimpijskiej USA z 1992, na czele której stali m.in. Michael Jordan czy Magic Johnson. Drużyna Hardaway'a pokonała Dream Team 62-54 w czasie 20-minutowego spotkania pokazowego.
W kolejnym roku gry dla Memphis Tigers poprawił jeszcze swoje osiągnięcia, ponownie zostając wybrany do All-American Team. Zrezygnował z ostatniego roku gry i postanowił wziąć udział w Drafcie do NBA. Rok później University of Memphis wycofał jego numer 25, z którym Hardaway grał dla Tigers.
W 2003 roku wrócił na University of Memphis i ukończył studia licencjackie na kierunku zawodowym, równo dziesięć lat po opuszczeniu murów szkoły.
NBA