Założył następnie własny związek zawodowy pod nazwą „Solidarność 80”, kierował nim (a później jednym z odłamów) przez około dziesięć lat.
W wyborach parlamentarnych w 1997 jako kandydat niezależny uzyskał mandat senatora IV kadencji z województwa szczecińskiego, uzyskując 124 897 głosów. W kolejnym roku zorganizował własne ugrupowanie pod nazwą Niezależny Ruch Społeczny, który wszedł w skład prawicowego bloku Ruch Patriotyczny Ojczyzna. Z ramienia RPO uzyskał mandat radnego sejmiku zachodniopomorskiego I kadencji, z którego zrezygnował, kiedy to 18 listopada 1998 został wybrany przez radę miasta na urząd prezydenta Szczecina.
31 grudnia tego samego roku, tuż po objęciu stanowiska, zerwał umowę dotyczącą budowy hipermarketu na Pomorzanach, którą poprzedni zarząd miasta podpisał kilka miesięcy wcześniej z niemiecką spółką Euroinvest Saller. Deweloper ten w postępowaniu cywilnym uzyskał później zasądzenie od miasta na swoją rzecz zwrotu wpłaconego uprzednio zadatku w kwocie 5 mln zł wraz z odsetkami. W 2005 Marianowi Jurczykowi i pozostałym sześciu członkom zarządu miasta w związku z powyższą decyzją i jej konsekwencjami prokurator przedstawił zarzut niedopełnienia obowiązków i narażenia miasta na znaczne straty materialne.