5 lipca 2007 Sąd Rejonowy w Szczecinie skazał Mariana Jurczyka oraz Dariusza Wieczorka (byłego wiceprezydenta ds. rozwoju gospodarczego z SLD) na kary po dwa lata pozbawienia wolności z warunkowym zawieszeniem ich wykonania na pięcioletnie okresy próby. Sąd ten orzekł także grzywny, zakazy zajmowania określonych stanowisk w administracji publicznej oraz zobowiązanie do naprawienia szkody. W 2008 sąd odwoławczy, uwzględniając m.in. apelację prokuratora od wyroku co do uniewinnienia pozostałych członków zarządu miasta, uchylił w całości orzeczenie sądu I instancji, przekazując sprawę do ponownego rozpoznania. W grudniu 2009 ponownie rozpatrujący tę sprawę sąd uniewinnił Mariana Jurczyka i członków zarząd miasta od stawianych im zarzutów.
Ze stanowiska prezydenta Szczecina Marian Jurczyk zrezygnował 24 stycznia 2000 po decyzji Trybunału Konstytucyjnego, który stwierdził, iż funkcji prezydenta miasta na prawach powiatu nie można łączyć z mandatem senatorskim.