Przed wyborami parlamentarnymi w 2001 wspierał Samoobronę RP, zostając członkiem sztabu wyborczego tej partii. W wyborach samorządowych w 2002 Marian Jurczyk ubiegał się ponownie o stanowisko prezydenta miasta Szczecina. W I turze uzyskał 27,81% głosów, zaś w II turze otrzymał 53,43% poparcia, pokonując kandydata koalicji SLD-UP Edmunda Runowicza i wygrywając tym samym wybory.
23 maja 2004 przeprowadzono referendum w sprawie jego odwołania z zajmowanego urzędu. W głosowaniu 94% biorących udział poparło ten postulat, jednak referendum okazało się nieważne z powodu zbyt niskiej frekwencji (która wyniosła 19%).
W wyborach samorządowych w 2006 Marian Jurczyk bez powodzenia ubiegał się o reelekcję. W I turze zajął 4. miejsce z poparciem 4013 wyborców (2,94%). 4 grudnia tegoż roku zakończył urzędowanie, po czym wycofał się z życia publicznego.
Zmarł 30 grudnia 2014 na skutek choroby nowotworowej w szpitalu przy ul. Arkońskiej w Szczecinie. Pogrzeb Mariana Jurczyka odbył się 3 stycznia 2015 w Szczecinie. Został pochowany na cmentarzu Centralnym w Szczecinie.