W marcu tego samego roku sąd lustracyjny drugiej instancji na wniosek rzecznika interesu publicznego prawomocnie uznał go za tzw. kłamcę lustracyjnego, co doprowadziło do utraty przez niego mandatu senatora (jego mandat senatorski wygasł 24 marca 2000). Sąd ten stwierdził, że Marian Jurczyk zataił fakt zmuszenia go w 1977 przez funkcjonariuszy SB groźbą pozbawienia życia do współpracy, a okoliczności jej nawiązania nie zwalniały z obowiązku złożenia oświadczenia lustracyjnego odmiennej treści. Sąd Najwyższy, uwzględniając złożoną kasację, uchylił jednak ten wyrok. Po ponownym rozpoznaniu sprawy w 2001 Marian Jurczyk został ponownie w obu instancjach uznany za kłamcę lustracyjnego. W 2002 w ramach postępowania kasacyjnego Sąd Najwyższy uchylił jednak prawomocne orzeczenie sądu lustracyjnego i orzekł, że jego oświadczenie lustracyjne było prawdziwe, gdyż współpraca z SB nie miała charakteru tajnego, a przekazywane informacje były pozbawione wartości operacyjnej, a ponadto sama SB oceniała tę współpracę jako mało przydatną m.in. z powodu braku lojalności.