Lata II wojny światowej 3 września 1939 – zgodnie z postanowieniami wcześniejszej uchwały Episkopatu – ewakuował się w miejsce uznane za najbezpieczniejsze w diecezji tj. do klasztoru franciszkanów w Stopnicy. W połowie września złożył wizytę w kieleckim oflagu.

9 października 1939 odczytano jego list pasterski, w którym wzywał do posłuszeństwa wobec władz okupacyjnych: „Dlatego wzywam Was, żebyście, nasamprzód wierni świętym przykazaniom Boga i Kościoła, okazali się posłusznymi względem władz administracyjnych we wszystkim, co nie sprzeciwia się sumieniu katolickiemu i naszej polskiej godności”. Apel ten w czasach PRL-u interpretowano jako nawoływanie do współpracy z okupantemKalendarz świętokrzyski 2005. Z dnia na dzień przez stulecia, Kielce 2004..

Był zaangażowany w działalność charytatywną, pomagał klerykom i księżom także spoza własnej diecezji, m.in. późniejszemu biskupowi lubelskiemu Piotrowi Kałwie. Popierał wyjazdy Polaków na roboty do Niemiec, uważając, że tam mają większe szanse przeżycia wojny. W maju 1940 w liście pasterskim napisał, iż „nie wolno nam nadstawiać ucha na podszepty podejrzanych ludzi, zwłaszcza gdy próbują wciągnąć młodzież do nieobliczalnych konspiracyjnych akcji”, co wzbudziło wiele kontrowersji.