Był przeciwnikiem akcji zbrojnych podziemia przeciwko Niemcom, gdyż uważał, że prowadzą jedynie do wykrwawienia się. Uważał, iż społeczeństwo powinno przeczekać okupację hitlerowską. Za swoją postawę został napiętnowany w „Biuletynie Informacyjnym AK”, a następnie w Sprawozdaniu Ministra Spraw Wewnętrznych w Londynie Stanisława Mikołajczyka w sprawie sytuacji w okupowanej Polsce w rozdziale Położenie kościoła katolickiego (Sprawozdanie nr 6/42, L. dz. K. 5006/42).
Okres powojenny Po zakończeniu okupacji niemieckiej, jesienią 1945 nawiązał zażyłe stosunki z ambasadorem Stanów Zjednoczonych Arthurem Blissem Lane’em. Ściągnęło to na Kaczmarka zainteresowanie funkcjonariuszy Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego.
W początkach 1946 w drodze na Dolny Śląsk odwiedził Opole. Pozytywne wrażenie wywarły na nim nabożeństwa lokalnej ludności. Odprawił wówczas mszę pontyfikalną w Prudniku.
Po pogromie kieleckim (4 lipca 1946) powołał komisję do zbadania jego okoliczności. Przewodnictwo komisji objął ks. prof. Mieczysław Żywczyński.