Ustalenia komisji stały się jedną z podstaw sporządzonego 1 września 1946 raportu, jaki Kaczmarek przedłożył ambasadorowi amerykańskiemu.

Aresztowanie i proces 20 stycznia 1951, razem z Janem Danilewiczem, autorem raportu o pogromie kieleckim, został aresztowany pod zarzutami szpiegostwa na rzecz Stanów Zjednoczonych oraz Stolicy Apostolskiej, faszyzacji życia społecznego, nielegalnego handlu walutami i kolaboracji. Rzeczywistym powodem uwięzienia obu duchownych był raport o pogromie kieleckim, w którym odpowiedzialnością za wydarzenia zostały obarczone służby NKWD. W toku śledztwa obaj byli wielokrotnie torturowani w areszcie śledczym MBP. Podczas procesu w nagonkę na biskupa włączyli się tzw. księża patrioci oraz koncesjonowane przez władzę ruchy katolickie. Tadeusz Mazowiecki, redaktor naczelny „Wrocławskiego Tygodnika Katolików” opublikował artykuł krytykujący działalność biskupa. W dniach od 14 do 22 września 1953 w trakcie pokazowego procesu przyznał się do zarzucanych mu czynów.