Czasem zdarza się, że czysta woda podgrzewana mikrofalami w nieporysowanym naczyniu osiągnie temperaturę wyższą od temperatury wrzenia, przechodząc niepostrzeżenie w stan cieczy przegrzanej. Nie różni się wtedy wyglądem od wody o temperaturze niższej niż temperatura wrzenia (nie szumi, nie pojawiają się pęcherzyki gazu). Jest to niebezpieczne, gdyż wrzenie może być bardzo łatwo zainicjowane przez wstrząśnięcie naczynia lub dodanie zarodków wrzenia (np. przez wsypanie herbaty) i powoduje gwałtowne powstanie dużych ilości pary. Para ta, uwalniając się gwałtownie z naczynia (przypomina to niekiedy eksplozję), rozpryskuje znaczne ilości wrzątku wokoło, co grozi poważnymi oparzeniami, najczęściej rąk i twarzy.
Nie należy ogrzewać w kuchence mikrofalowej zamkniętych pojemników (np. słoików, butelek, pudełek z zatrzaskiwanymi wiekami), a także jajek w skorupkach. Parowanie lub nawet wrzenie w trakcie podgrzewania zwiększa ciśnienie w naczyniu, co może doprowadzić do rozerwania go, a przy tym zanieczyszczenia lub zniszczenia kuchenki.