Zamknięte puszki, mimo że nie przepuszczają mikrofal do wnętrza, mogą się jednak ogrzewać od innych przedmiotów lub prądów wirowych.
Zmiany w strukturze chemicznej żywności i straty składników odżywczych Podczas ogrzewania mikrofalowego żywności dochodzi do szeregu zmian w składnikach odżywczych, m.in.: faza tworzenia rodników podczas przemian kwasów tłuszczowych przebiega szybciej niż podczas tradycyjnej obróbki termicznej, zmiany struktur cząsteczek białek i cukrów mają charakter nietypowy, dochodzi do aktywacji niektórych enzymów, jak również do deformacji struktur skrobi podczas jej przekształcania w formę rozpuszczalną oraz do wyraźnej zmiany konfiguracji aminokwasów z lewoskrętnej charakterystycznej dla przyrody na prawoskrętną, czyli następuje racemizacja aminokwasów o konfiguracji L na aminokwasy o konfiguracji D (np. L-seryny na D-serynę, L-proliny na D-prolinę), co powoduje osłabienie strawności białek oraz zmniejszenie ich wartość odżywczej.
Gotowanie przy użyciu kuchni mikrofalowej warzyw krzyżowych, na przykład brokułów, powoduje znaczny spadek flawonoidów oraz pochodnych kwasu hydrocynamonowego: 97% flawonoidów, 74% pochodnych kwasu synapowego, 87% pochodnych kwasu kawoilochinowego zwanego kwasem chlorogenowym.