Układ pokarmowy i odżywianie Schitynizowane jelito przednie przechodzi w trzecim segmencie w obszerne jelito środkowe, niemające bocznych wypuklin. W segmencie preanalnym znajduje się jelito tylne podzielone na wąski kanalik i obszerny, wysłany chityną pęcherzyk jelita prostego. Sposób odżywiania został zbadany tylko u nielicznych gatunków. Przedstawiciele rodzaju Pauropus i Allopauropus wysysają strzępki grzybni pleśni. W przewodzie pokarmowym wymienionych skąponogów, mających bardzo delikatne szczęki, znajdowano tylko pokarm płynny, to u rodzaju Millotauropus, wyposażonego w szczęki silniejsze, stwierdzono w jelicie kawałki grzybni i zarodni oraz włoski drobnych stawonogów.
Narządy wydalnicze i wydalanie Narządy te są u skąponogów słabo zbadane. Należy tu gruczoł szczękowy, pełniący prawdopodobnie rolę gruczołu wydzielania, to samo odnosi się do dwóch par gruczołów uchodzących w pobliżu otworu ustnego.