Natomiast narządami wydalniczymi jest para cewek Malpighiego, stanowiących wypustki jelita tylnego i biegnących pod jelitem środkowym ku przodowi, aż do trzeciego segmentu tułowia.
Układ krążenia Skąponogi nie mają układu krążenia, co wiąże się z drobnymi rozmiarami ciała i jest cechą wtórną, która wystąpiła na pewnym etapie ich rozwoju rodowego.
Układ oddechowy Układ ten występuje tylko u Millotauropodidae i ma bardzo uproszczoną budowę. Jego przetchlinki znajdują się na biodrach nóg krocznych. Zwykle łączą się one z krótkimi tchawkami i tylko z bioder 1 pary nóg, nie rozgałęziając się, dochodzą aż do głowy. Ogromna większość skąponogów nie posiada specjalnego układu oddechowego. Oddychanie skórne ułatwia im silnie rozwinięte ciało tłuszczowe.
Układ nerwowy Centralny układ nerwowy jest u tych zwierząt, w stosunku do ich drobnych rozmiarów, bardzo silnie rozwinięty, co dotyczy mózgu i pnia brzusznego. "Mózg" zajmuje u nich nie tylko puszkę głowową, lecz jego zwoje wnikają aż do drugiego segmentu tułowia. Biegnący wzdłuż ciała pień nerwowy ma tylko segmentalnie rozmieszczone zgrubienia, ale nie jest poza tym rozczłonkowany.