Układ rozrodczy Skąponogi to zwierzęta rozdzielnopłciowe. Męski gruczoł płciowy, leżący na grzbietowej stronie ciała, ma u Pauropus silvaticus cztery woreczkowate rozszerzenia, leżące jedne za drugimi. Z każdego z nich wybiega długi przewód wyprowadzający, rozszerzający się w pęcherzyk nasienny. Wszystkie pęcherzyki nasienne łączą się w nieparzysty przewód, rozdzielający się w parzysty przewód wytryskowy, uchodzący na zewnątrz pomiędzy biodrami trzeciej pary odnóży krocznych, na szczycie dwóch małych brodawek płciowych.
Nieparzysty wydłużony jajnik leży między jelitem a brzusznym pniem nerwowym. Ma on zasadniczo dwa jajowody, z których jeden jest w pełni rozwinięty i funkcjonalny przechodzi w przedsionek oraz w zbiornik nasienia. Narządy płciowe samicy uchodzą na stronie brzusznej trzeciego segmentu tułowiowego. U obu płci gonady zawiązują się na stronie brzusznej poniżej jelita. Jaja są bogate w żółtko. Jedne gatunki składają je pojedynczo np. w spękaniach kawałka drewna, u innych gatunków samica siedzi na bryłce jaj. Młode opuszczają osłonki jajowe jako nieruchome stadium spoczynkowe, z czułkami oraz zawiązkami dwóch pierwszych par nóg krocznych. Stadium to linieje i następna larwa ma ciało złożone z 6 segmentów i 3 par nóg krocznych. Druga larwa ma 5 par nóg, trzecia 6, a czwarta 8.