5 września 1993 roku arcybiskup gnieźnieński Henryk Muszyński erygował przy kościele farnym kapitułę bydgoską pw. Matki Bożej Pięknej Miłości, podnosząc równocześnie tę świątynię do godności kolegiaty. Podczas wizyty Jana Pawła II w Bydgoszczy 7 czerwca 1999 roku, papież nadał kolegiacie bydgoskiej rangę konkatedry archidiecezji gnieźnieńskiej. W 2002 roku przesłał natomiast specjalny list do bydgoszczan z okazji obchodów 500-lecia fary bydgoskiej.
24 lutego 2004 roku papież Jan Paweł II ogłosił bullę o utworzeniu diecezji bydgoskiej, która weszła w życie 25 marca 2004 w uroczystość Zwiastowania Pańskiego. Decyzja ta była dopełnieniem reformy administracyjnej Kościoła w Polsce z 25 marca 1992 zawartej w bulli Totus Tuus Poloniae populus (z łac. „Cały Twój lud w Polsce”). Diecezję bydgoską wydzielono z 12 dekanatów archidiecezji gnieźnieńskiej (Bydgoszcz I-V, Mrocza, Nakło, Szubin, Kcynia, Wyrzysk, Łobżenica, Wysoka; 316 księży, 510 tys. wiernych), 1 dekanatu diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej (złotowski; 20 księży, 43 tys. wiernych) i fragmentów 3 dekanatów diecezji pelplińskiej (koronowski, wierzchuciniecki, sępoleński;