27 księży, 43 tys. wiernych). Patronką diecezji bydgoskiej papież ustanowił Matkę Bożą Pięknej Miłości, której obraz osobiście koronował 7 czerwca 1999 roku oraz biskupa Michała Kozala, którego beatyfikował 14 czerwca 1987 roku. 28 marca 2004 roku odbył się uroczysty ingres biskupa Jana Tyrawy, dotychczasowego biskupa pomocniczego archidiecezji wrocławskiej, do bydgoskiej katedry.
W chwili powstania diecezja podzielona była na 16 dekanatów utworzonych ze 145 parafii, z czego 135 były to parafie diecezjalne, a pozostałych 10 prowadziły zgromadzenia zakonne. W duszpasterstwie pracowało łącznie 363 księży i 179 sióstr zakonnych. Na terenie Bydgoszczy w 5 dekanatach istniało 47 parafii, tj. ponad 32% ogólnej ich liczby w diecezji. W celu skutecznego oddziaływania duszpasterskiego w latach: 2006 i 2008 roku dokonano reorganizacji podziału terytorialnego diecezji. Liczbę miejskich dekanatów w Bydgoszczy zwiększono z 5 do 6, z parafii podbydgoskich utworzono dekanat Białe Błota, dekanat Złotów podzielono na dwa (Złotów I i II), a z dekanatu Szubin wyodrębniono dekanat Łabiszyn. W wyniku intensywnej suburbanizacji okolic podmiejskich Bydgoszczy wynikła potrzeba powołania nowych parafii. W 2004 roku biskup bydgoski erygował nową parafię Najświętszej Maryi Panny Wspomożycielki Wiernych w Niemczu, w 2007 roku parafię bł.