Poniżej pokazano drzewo filogenetyczne od maniraptorów (Maniraptora) do ptaków (Aves) według Norella i in. (2006); nazwy kladów oparte na definicjach podanych przez: Sereno (2005) Sereno, P. C. 2005. Stem Archosauria-TaxonSearch [version 1.0, 2005 November 7]..
Alternatywne teorie i kontrowersje Istnieje wiele kontrowersji związanych z badaniem pochodzenia ptaków. Początkowo niezgodności dotyczyły tego, czy ptaki ewoluowały z dinozaurów, czy bezpośrednio z bardziej prymitywnych archozaurów. Zwolennicy pochodzenia od dinozaurów byli niezgodni co do tego, czy bardziej prawdopodobnymi przodkami były dinozaury ptasiomiedniczne (Ornithischia), czy teropody Heilmann, Gerhard. „The origin of birds” (1927) „Dover Publications”, New York.. Mimo że dinozaury ptasiomiedniczne mają budowę miednicy identyczną jak ptaki nowoczesne, sugeruje się, że ptaki pochodzą od dinozaurów gadziomiednicznych, a budowa ich miednicy wykształciła się niezależnie Rasskin-Gutman, Diego;