W 1579 roku król Stefan Batory przekształcił istniejące od 1570 Kolegium Jezuitów w Wilnie w Akademię i Uniwersytet Wileński Towarzystwa Jezusowego, co zostało potwierdzone przez papieża Grzegorza XIII. Uczelnia ta w drugiej połowie XVIII w. została poddana reformie, przyjmując nazwę Szkoła Główna Litewska. W 1803 została przekształcona w Cesarski Uniwersytet Wileński. W 1817 studenci i absolwenci uczelni powołali do życia samokształceniowe i patriotyczne Towarzystwo Filomatyczne, które przyjęło później spiskowy i antyzaborczy charakter. Stowarzyszenie zostało rozbite w 1823 roku. Cesarski Uniwersytet Wileński został natomiast zamknięty przez cara Mikołaja I Romanowa po stłumieniu powstania listopadowego w latach 30. XIX w.
W 1661 roku król Jan II Kazimierz Waza założył we Lwowie Akademię Jezuicką, opartą na istniejącym w tym mieście od 1608 kolegium jezuickim. W 1758 król August III Sas przekształcił uczelnię w Akademię Lwowską, przemianowaną po I rozbiorze Polski w szkołę średnią. W 1784 cesarz Józef II Habsburg ufundował we Lwowie świecki uniwersytet (Uniwersytet Józefiński), który na początku XIX w. został przekształcony w liceum. W 1817 Franciszek I ponownie ufundował uniwersytet (Uniwersytet Franciszkański), w którym językiem wykładowym był niemiecki.