Współpracował na stałe (od 1926) z Bohdanem Lachertem, i dorywczo ze Stanisławem Brukalskim, Lechem Niemojewskim i Włodzimierzem Winklerem.
Ze względu na wadę kręgosłupa nie został zmobilizowany w 1939 roku, ale jako ochotnik zgłosił się na kierowcę wojskowego i poległ 24 września 1939 roku w okolicy Płazowa pod Tomaszowem Lubelskim. Pochowany w Rudzie Różanieckiej, a następnie w zbiorowej mogile wojskowej w Zamościu (Rotunda Zamojska).
W 2015 roku nakładem wydawnictwa Czarne ukazała się biografia Józefa Szanajcy (wspólnie z Bohdanem Lachertem) autorstwa Beaty Chomątowskiej, pt. Lachert i Szanajca. Architekci awangardy.
Dyplomy i wyróżnienia 1928 w Warszawie, 1929 na I Państwowej Wystawie Krajowej w Poznaniu, 1930 w Budapeszcie, 1937 w Paryżu. mały|Polski pawilon na Wystawie Światowej w Paryżu, 1937 Spośród projektów przy których współpracował wyróżnionych zostało nagrodami: pierwszą – 17, drugą – 10, trzecią – 4 czwartą – 3. Zakupionych zostało siedem a „wzmiankę zaszczytną” przyznano jednej pracy.