W rządzie Jerzego Buzka objęła sześć resortów, reprezentowana była przez wicepremiera Leszka Balcerowicza (kierującego również Ministerstwem Finansów), a także Bronisława Geremka (MSZ), Janusza Onyszkiewicza (MON), Hannę Suchocką (sprawiedliwość), Joannę Wnuk-Nazarową (kultura i sztuka) oraz Eugeniusza Morawskiego (transport i gospodarka morska).
W wyborach samorządowych w 1998 UW uzyskała 11,6% głosów, wprowadzając po kilku przedstawicieli do większości sejmików. Utraciła także władzę w wielu miastach (na rzecz AWS lub SLD), jej reprezentanci zostali prezydentami m.in. Warszawy, Gliwic, Olsztyna, Poznania i Tychów. W tym samym roku UW zasiliła grupa postsolidarnościowych polityków skupionych wokół Zbigniewa Bujaka, którzy odeszli z Unii Pracy. thumb|200px|Bronisław Geremek. Przewodniczący Unii Wolności w latach 2000–2001 6 czerwca 2000, na skutek m.in. konfliktu w warszawskiej gminie Centrum, unia zerwała koalicję rządową z AWS, a jej ministrowie złożyli rezygnacje. Podczas wyborów prezydenckich w 2000 UW zdecydowała się nie wystawiać swojego kandydata i nie udzielać oficjalnego poparcia, nawołując wyborców do dokonania indywidualnego wyboru kandydata. Znaczna część jej działaczy i zwolenników poparła wówczas Andrzeja Olechowskiego.