W 1999 roku wystartował w siedmiu wyścigach serii CART w zespole Patrick Racing. Na dłużej jednak zadomowił się w American Le Mans Series w której startował regularnie w latach 1999 – 2002.

Od roku 2001 startował Peugeotem w serii Danish Touring Car Championship (w roku 2003 został mistrzem).

Od 1999 roku Magnussen startuje corocznie w różnych klasach w wyścigu 24 godziny Le Mans. W 2004 wygrał ten wyścig w klasie GTS, a w latach 2005, 2006 i 2009 – w klasie GT1. Za każdym razem jeździł wtedy Chevroletem Corvette.

Również od 1999 co roku Magnussen bierze udział w wyścigu 12 godzin Sebring. Jego najlepszy rezultat to zwycięstwa w latach 2006, 2008 i 2009 w klasie GT1.

W 2005 roku przesiadł się do Toyoty Corolli zespołu Den Blå Avis w duńskich mistrzostwach samochodów turystycznych i zdobył dwa tytuły wicemistrzowskie. Od roku 2007 jeździ w tej serii BMW 320si E90 i zdobył kolejno trzecie miejsce, tytuł mistrzowski i drugie miejsce.

W 2007 roku powrócił też do regularnych startów w ALMS, w 2008 zdobył w niej tytuł mistrzowski w klasie GT1.