Pomimo ostrzeżeń ze strony Takedy, Yuri wypożycza rower i jedzie za Godzillą, podążającym ku Tokio. Generał Katsumasa Migumo rozkazuje zaatakować go z pomocą samolotów bojowych, bez skutku. Tymczasem Mothra, zamknięta w kokonie, kończy swą metamorfozę, a Król Ghidorah budzi się w jaskini w górze Fuji.
W Yokohamie zostaje ogłoszony stan pogotowia. Admirał Tachibana przybywa do miasta, obejmując dowodzenie nad akcją z krążownika Aizu. Wkrótce do miasta przybywa Godzilla. Niespodziewanie pojawia się także Mothra, która rozpoczyna atak na jaszczura. Yuri przybywa do miasta, chcąc nagrać wszystko, co tam się dzieje. Podczas walki Godzilla niszczy wieżę Yokohamy i ma wyraźną przewagę nad Mothrą. Nagle ziemia zaczyna się trząść.
Do miasta przybywa Król Ghidorah, wspomagając Mothrę w walce z Godzillą. Jednak jego metamorfoza jeszcze się nie skończyła i nie jest dostatecznie potężny. Gdy miota snopem w Ghidore, Mothra przyjmuje na siebie całą siłę uderzenia. Admirał widzi szansę do ataku i w stronę Godzilli zostają odpalone pociski wiertnicze D-03. Udaje im się zranić potwora, ale wściekły Godzilla atakuje ludzi, niszcząc prawie całą ich potęgę militarną w mieście. Kiedy jednak przygotowuje się do zniszczenia Aizu, Mothra znów wkracza na scenę i przyjmuje na siebie jego atak.