Wtedy też obudziły się pozostałe Gorgony, Steno i Euriale, i poczęły ścigać zabójcę, a że dzięki hełmowi Hadesa – „czapce-niewidce” – był on niewidzialny, nie mogły go ujrzeć ani zabić dla pomszczenia siostry.
Śmiertelna głowa thumb|Głowa Meduzy, Rubens, 1617–1618, Muzeum Historii Sztuki w Wiedniu Perseusz zdążył zaczerpnąć krwi wypływającej z ran zamordowanej. Krew Meduzy była magiczna: płynąca z żył lewej strony ciała była śmiertelną trucizną, z prawej strony miała moc przywracania życia. Ożywiającą siłę krwi Meduzy wykorzystywał później Asklepios wskrzeszając zmarłych.
Syn Zeusa udał się w drogę powrotną. Spotkał na niej Atlasa, tytana dźwigającego sklepienie nieba. Wyczerpany ucieczką przed Gorgonami poprosił o złote jabłko z ogrodu Hesperyd, jednak tytan odmówił. Perseusz, korzystając z głowy Meduzy, zamienił go w kamień, w innej wersji mitu w górę, od której pochodzi nazwa łańcucha górskiego w północnej Afryce. Głowy Gorgony użył ponownie podczas sporu z Fineusem, chcącym poślubić swą bratanicę Andromedę, którą wcześniej Perseusz wybawił od śmierci, pokonując morskiego potwora. Zwolennicy Perseusza wdali się w bójkę z poplecznikami Fineusa, wobec czego heros wyjął z torby głowę Meduzy przeistaczając Fineusa i jego zwolenników w kamienie. Swoim polecił przedtem odwrócić wzrok.